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恥ずかしながら最近まで知りませんでした。
フィルターで絞り込んでも、SUMでは全体の合計のままですが、
SUBTOTAL
という関数を使えばフィルターで絞り込んだ結果に対して合計を出してくれます。

例）

1つ目の引数は集計方法で、合計の場合は9を入れます。
2つ目の引数に範囲を指定します。